ثانياً: رئيس الاتحاد ونائبه:

تقضي المادة (51) من الدستور بأن ينتخب المجلس الأعلى للاتحاد من بين أعضائه رئيساً للاتحاد ونائباً لرئيس الاتحاد. على أن يمارس نائب رئيس الاتحاد جميع اختصاصات رئيس الاتحاد في حالة غيابه لأي سبب من الأسباب.

كما تقضي المادة (52) من الدستور بأن تكون مدة انتخاب رئيس الاتحاد ونائبه (خمس) سنوات ميلادية، ويجوز إعادة انتخابهما لذات المنصب.

وإذا خلا منصب الرئيس أو نائبه بالوفاة أو الاستقالة أو انتهاء حكم أي منهما في إمارته لسبب من الأسباب، يُدعى المجلس الأعلى خلال شهر من ذلك التاريخ للاجتماع، لانتخاب خلف لشغل المنصب الشاغر، وذلك للفترة المتبقية من مدة الخمس سنوات. أما إذا خلا منصبا رئيس المجلس الأعلى ونائبه معاً، يجتمع المجلس الأعلى فوراً بدعوة من أي من أعضائه، أو من رئيس مجلس وزراء الاتحاد، لانتخاب رئيس ونائب رئيس جديدين لملء المنصبين الشاغرين (المادة 53 من الدستور).

وقد حددت المادة (54) من الدستور الاختصاصات التي يمارسها رئيس الاتحاد في الأمور التالية:-

1. يرأس المجلس الأعلى، ويدير مناقشاته.
2. يدعو المجلس الأعلى للاجتماع، ويفض اجتماعاته، وفقاً للقواعد الإجرائية التي يقررها المجلس في لائحته الداخلية. ويجب دعوة المجلس للاجتماع متى طلب ذلك أحد أعضائه.
3. يدعو لاجتماع مشترك بين المجلس الأعلى ومجلس وزراء الاتحاد كلما اقتضت الضرورة ذلك.
4. يوقع القوانين والمراسيم والقرارات الاتحادية التي يصدق عليها المجلس الأعلى، ويصدرها.
5. يعين رئيس مجلس وزراء الاتحاد ويقبل استقالته ويعفيه من منصبه بموافقة المجلس الأعلى. كما يعين نواب رئيس مجلس وزراء الاتحاد والوزراء ويقبل استقالاتهم ويعفيهم من مناصبهم بناءً على اقتراح رئيس مجلس وزراء الاتحاد.
6. يعين الممثلين الدبلوماسيين للاتحاد لدى الدول الأجنبية وغيرهم من كبار الموظفين الاتحاديين المدنيين والعسكريين (باستثناء رئيس وقضاة المحكمة الاتحادية العليا) ويقبل استقالاتهم ويعزلهم بناءً على موافقة مجلس وزراء الاتحاد. ويتم هذا التعيين أو قبول الاستقالة أو العزل بمراسيم وطبقاً للقوانين الاتحادية.
7. يوقع أوراق اعتماد الممثلين الدبلوماسيين للاتحاد لدى الدول والهيئات الأجنبية ويقبل اعتماد الممثلين الدبلوماسيين والقنصليين للدول الأجنبية لدى الاتحاد ويتلقى أوراق اعتمادهم. كما يوقع وثائق تعيين وبراءات اعتماد الممثلين.
8. يشرف على تنفيذ القوانين والمراسيم والقرارات الاتحادية بواسطة مجلس وزراء الاتحاد والوزراء المختصين.
9. يمثل الاتحاد في الداخل وتجاه الدول الأخرى، وفي جميع العلاقات الدولية.
10. يمارس حق العفو أو تخفيف العقوبة ويصادق على أحكام الإعدام، وفقاً لأحكام الدستور والقوانين الاتحادية.
11. يمنح أوسمة وأنواط الشرف العسكرية والمدنية، وفقاً للقوانين الخاصة بهذه الأوسمة والأنواط.
12. أية اختصاصات أخرى يخوله إياها المجلس الأعلى أو تخول له بمقتضى أحكام هذا الدستور أو القوانين الاتحادية.